Pembentukan jabatan ini berdasarkan pemikiran akan pentingnya posisi dan peran perempuan serta kesejahteraan anak Indonesia yang ditangani langsung oleh pemerintah. Status Menteri Muda Urusan Peranan Wanita menjadi penting dan berkelanjutan sebagai mesin nasional (national machinery) pemberdayaan perempuan karena masuknya Indonesia dalam the Commision on the Status of Women (CSW) yang menitikberatkan pada integritas perempuan dalam pembangunan. Fokus lainnya adalah meningkatkan partisipasi perempuan, terutama di bidang kesehatan keluarga berencana, pendidikan dasar bagi anak perempuan, serta peningkatan peran sosial perempuan dalam masyarakat.

Pada Kabinet Pembangunan IV, terdapat perubahan nama dari Menteri Muda menjadi Menteri Negara, yang menunjukkan bahwa tugas pokoknya bertambah, yaitu menangani peningkatan peranan wanita dalam pembangunan di segala bidang. Hal ini sebagai bentuk keseriusan pemerintah Indonesia dalam melaksanakan kesepakatan dengan CSW-PBB untuk meningkatkan peran perempuan dalam pembangunan nasional.

Garis Besar Haluan Negara (GBHN) adalah panduan pembangunan wajib bagi Presiden dalam melaksanakan pemerintahan yang ditetapkan oleh Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR) dan program terkait peranan wanita masuk dalam GBHN tahun 1993, yaitu pembinaan peranan wanita atau perempuan sebagai mitra sejajar laki-laki ditujukan untuk meningkatkan peran aktif dalam kegiatan pembangunan, termasuk upaya mewujudkan keluarga sehat, sejahtera, dan bahagia serta pengembangan anak, remaja, dan pemuda dalam rangka pembangunan manusia Indonesia seutuhnya.

Tahun 1998 – 1999 terdapat peristiwa perubahan iklim politik, dimana terdapat ketidakpuasan rakyat terhadap pemerintahan Orde Baru sehingga menimbulkan pemerintahan baru hasil dari reformasi. Pada masa ini, semangat reformasi dilandasi pada tiga paradigma yang berorientasi pada kebijakan dan kinerja yang dihasilkan, yaitu: pembangunan masyarakat madani, kemajuan bersama, dan demokratisasi. Peran dari Menteri Negara Peranan Wanita adalah sebagai salah satu pilar bagi peningkatan kualitas karakter generasi bangsa dengan memperhatikan masalah pendidikan dan perkembangan moral bangsa Indonesia. Pembangunan nasional dalam kaitannya dengan Peranan Wanita perlu dikembangkan secara berkesinambungan, sehingga wanita lebih mampu dalam menghadapi tantangan global dan tuntutan nasional yang semakin berkembang.

Pada era ini, nama kementerian mulai diubah menggunakan frasa “Pemberdayaan Perempuan” yang berdasarkan pandangan bahwa pemberdayaan perempuan akan tercipta apabila tiga sektor Indeks Pembangunan Manusia (IPM) perempuan terpenuhi, yaitu pendidikan, kesehatan, dan ekonomi perempuan. Perempuan yang terdidik, sehat, dan mandiri secara ekonomi dapat menjadi seorang yang sukses di sektor manapun. Pada masa ini, terbit Instruksi Presiden Nomor 9 Tahun 2000 tentang Pengarusutamaan Gender (PUG) Dalam Pembangunan Nasional. PUG adalah strategi yang dibangun untuk mengintegrasikan gender menjadi satu dimensi integrasi, mulai dari perencanaan, penyusunan, pelaksanaan, pemantauan, dan evaluasi atas kebijakan dan program pembangunan nasional. Selain itu, terdapat pandangan terkait dengan perlindungan anak, bahwa anak sudah harus mendapatkan perlindungan sejak dalam kandungan ibunya sampai dengan lahir sebagai seorang manusia, baik secara lahir maupun batin.

Pada masa ini, mulai berkembang konsep “Kesetaraan dan Keadilan Gender”, mulai dari pemerintah pusat sampai dengan masyarakat luas. Pada awalnya, hal ini tidak berjalan mulus karena adanya berbagai benturan dan tantangan yang salah satunya adalah masih kuatnya budaya patriarki, namun hal ini tidak menyurutkan pemerintah untuk terus menggelorakan konsep tersebut. Terkait dengan perlindungan anak dan perempuan, terbit kebijakan Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2002 tentang Perlindungan Anak yang berbasis pada Konvensi Hak Anak dan Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2004 tentang Penghapusan Kekerasan Dalam Rumah Tangga dengan tujuan peningkatan kesejahteraan dan perlindungan terhadap perempuan dan anak.

Isu perempuan merupakan cross-cutting issues sehingga Kementerian Negara Pemberdayaan Perempuan menjadi pengamat, penyelia, pendorong, dan pemberi motivasi agar kementerian/lembaga lainnya juga membuat program pemberdayaan perempuan. Pada tahun 2005 merupakan pertama kalinya diberikan Penghargaan Anugerah Parahita Ekapraya, sebuah penghargaan yang diberikan kepada Kementerian/Lembaga, Pemerintah Daerah Provinsi/Kabupaten/Kota yang telah menyelenggarakan perencanaan yang responsif gender. Terkait dengan perlindungan anak, telah diluncurkan program Kabupaten/Kota Layak Anak dan Telepon Sahabat Anak (TESA) 129.

Nomenklatur Kementerian Pemberdayaan Perempuan akhirnya ditambahkan frasa “Perlindungan Anak” pada Kabinet Indonesia Bersatu II, sehingga dengan adanya penggabungan isu gender dan anak, maka tanggung jawab kementerian semakin meningkat. Hal ini dikarenakan perempuan dan anak merupakan komponen terbesar dalam penduduk Indonesia sehingga isu gender dan anak memiliki prioritas yang tinggi. Kebijakan bertujuan untuk mendukung peningkatan kualitas hidup dan peran perempuan dalam pembangunan serta peningkatan perlindungan perempuan dan anak dari segala bentuk kekerasan dan diskriminasi.

Isu perlindungan anak terus menjadi perhatian dengan adanya beberapa fakta di lapangan bahwa masih banyak anak-anak Indonesia yang belum terlindungi secara utuh sehingga terbit kebijakan tentang perlindungan anak, salah satunya pemberatan hukuman bagi pelaku kekerasan terhadap anak. Terkait dengan data kekerasan, maka tahun 2016 mulai dikembangkan sistem aplikasi pencatatan dan pelaporan kekerasan perempuan dan anak yaitu SIMFONI-PPA (Sistem Informasi Online Perlindungan Perempuan dan Anak). Data tersebut dapat digunakan untuk menyusun strategi perlindungan dan penanganan kekerasan yang lebih strategis dan dapat dipertanggungjawabkan.

Pada masa ini, tugas pokok dan wewenang kementerian mengalami perkembangan, yang sebelumnya mengoordinasikan kementerian atau institusi lainnya, menjadi kementerian teknis yang dapat langsung bergerak untuk memberikan layanan, memberdayakan perempuan dan memberikan perlindungan anak secara langsung kepada masyarakat. Dengan adanya pandemi COVID-19 saat itu sehingga tantangan menjadi semakin berat, namun dapat dilalui dan menorehkan beberapa capaian terkait pemberdayaan perempuan dan perlindungan anak berkat kerjasama dan koordinasi yang baik dari seluruh pihak, baik internal maupun eksternal. Kebijakan terkait ibu dan anak, tumbuh kembang anak, hingga perlindungan tindak pidana kekerasan seksual serta program desa ramah perempuan peduli anak merupakan salah satu torehan sejarah pemberdayaan perempuan dan perlindungan anak Indonesia.

Dalam pembagian urusan pemerintahan, Presiden memberikan tugas kepada Kemen PPPA melalui Peraturan Presiden Republik Indonesia untuk menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang pemberdayaan perempuan dan tugas pemerintahan di bidang perlindungan anak untuk membantu Presiden dalam menyelenggarakan negara. Dalam pelaksanaannya, kementerian terus memperkuat progam dan kegiatan yang telah dilaksanakan oleh para Menteri sebelumnya serta mengembangkan beberapa inovasi demi kemajuan pemberdayaan perempuan dan perlindungan anak sesuai semangat dan optimisme “Perempuan Berdaya, Anak Terlindungi, menuju Indonesia Emas 2045”.